化車站位於臺南市善化區，在臺鐵車站等級中為二等站，目前部分自強號有停靠，莒光號除了516次外，其餘皆停靠；普悠瑪自強號（TEMU2000）皆不停靠。南部科學園區週邊，有新市車站、南科車站及善化車站，其中新市車站為三等站，南科車站為通勤簡易站。其中南科車站距離南部科學園區最近，並有免費巡迴公車可以直達園區內部。早期臺鐵沙崙線的列車大多以南科車站為終點，列車再迴送至善化車站暫放，直到善化車站第二月臺完工後，才以善化車站作為始發站。
善化車站
車站等級：二等站。
車站型式：地面車站。
車站配置：
一、第一月臺：島式月臺。
二、第二月臺：側岸式月臺。
車站週邊：
一、糖鐵善化站（已拆除）。
二、臺糖善化糖廠。
三、善化啤酒廠。
四、沈光文紀念碑。
五、國立善化高級中學。
六、大成國民小學。
七、善化國民小學。
改造前
善化車站位於光文陸橋、光文路與大成路所圍成的區塊內，車站東側則有鐵路穀倉。善化的主要市區分佈於車站的西側，另外沿著大成路向東行，可以經小新營社區連通省道一號，若要前往南部科學園區，可以行駛興農路，再轉南科北路。善化車站是相當重要的公車轉運站，有多條公車路線可以通往南科、新化、山上、六甲、臺南、...等地。在早期善化車站的南邊還有臺糖鐵路善化車站，目前僅剩部分鐵路殘跡。
善化車站於1901年即設站，當時稱為「灣裡」，車站設於市區東側約2公里處，直到1920年才改稱為「善化」。目前車站所使用的站房，為1963年5月時啟用，具有相當方正的外觀，外牆為灰色混凝土搭配抿石子工法，車站入口處設有巨大的綠色遮雨棚。在早期的時候車站廣場有舖設地磚
早期的大型廣場都是使用不透水磚舖成，當車輛駛入時常會發出噪音。車輛要進入善化車站，必須先由中山路或民族路向右轉駛光文路（南124），再左轉進入車站。離站車輛則於過站房遮雨棚後左轉，駛離站前廣場後，可直走續行中山路，或向右轉／左轉行駛光文路。機車要進出車站，則必須依照車站廣場紅色舗面的動線行駛。
善化車站的候車大廳，設有磁吸式的大型告示板共三面，其中在售票窗口上方的部分，為各級列車票價表，由左而右分別為復興／區間、莒光及自強（以善化車站為起點），另一面標示著善化車站各級對號快車停靠站，剪票口斜上方的告示板為善化車站各級列車時刻表。另外在各級列車票價表右方的空襲避難位置圖中，可以看出早期的糖鐵善化站與臺鐵善化車站的關係。
車站的售票窗口一共有四個售票窗口，其中第一個窗口設置非對號自動售票機兩部，僅能使用硬幣或磁卡交易。第二窗口可以購買各級列車車票，包含區間車、復興號、莒光號及自強號，另有販售定期票、回數票、自動售票機磁卡、電話語音訂票取票及預售12日內車票。第四號窗口與第二號窗口業務相同，但支援信用卡支付功能。
早期的車站都有寫字臺，上面張貼各種列車時刻表，包含西部幹線各級列車時刻表、當站的各級列車時刻表，西部幹線屏東—嘉義間區間車、區間快車時刻表等，目前大部分的車站都已移除寫字臺，改以充電臺代替。
剪票口上方的旅客資訊系統為銘協公司所製作，一共有兩面，左邊顯示最近兩個班次的北上列車時刻，右邊顯示最近兩個班次的南下列車時刻，最下方為跑馬燈，可以顯示最近列車所在位置及停靠站。早期高雄車站尚未地下化，故西部幹線南下列車大多以高雄車站為終點站。
在中南部的車站頗為常見的SMART LIFE商店，早期分佈在高雄、善化、嘉義、斗南車站等，不過這些車站後來都經過改造，使得此種商店逐漸式微，未來嘉義車站高架化工程完工及通車後，將僅剩善化車站有SMART LIFE商店。
車站入口的上方設有燈箱，上面標註著善化車站內各種設施的位置，並於下方加註英文。早期臺鐵的行包業務有專列運送，如4003次、4004次、...等，現行行包運送業務已附掛於莒光號，如：653次、554次、501次、...等。
在尚未設置電子閘門前，善化車站使用傳統的鐵門來管制旅客進出，列車進站前十分鐘，才會開放旅客進站，並有車站人員在閘門前剪票或回收到站旅客的車票；驗票閘口旁邊的小桌子可以供旅客補票或蓋車票證明章。
車站外牆為抿石子，因此有明顯的磨砂質感，於驗票閘口附近還以黑色漆噴塗「善化」字樣，具有早期傳統車站的美感。抿石子和洗石子的工法都很相似，但抿石子的石縫較淺，洗石子的石縫較深，因此洗石子會有比較粗獷的外觀。
善化車站通往月臺的通道為地下道，並沒有設置電梯，因此身障人士要進出月臺，必須告知站務人員協助。此外善化車站目前僅設有前站出入口，對於小新營、大內方面等位於後站的居民來說並不方便，未來可能會改建成跨站式站房。
地下道的地板為磨石子工法，其施工方式與抿石子相似，但必須乾燥三日後，再使用打磨機及清水進行打磨及抛光，會產生極大的噪音及粉塵，在早期的房子仍可以看到此種工法。地下道兩側以白色瓷磚作舖面，並懸掛鐵路攝影作品。
早期善化車站只有一座島式月臺，也是唯一一座只有單座島式月臺的二等站，由於月臺兩側都是正線，因此在當時善化車站都是中途站，無法做終點站使用。沙崙線部分列車必須以南科為終點站，再迴送至善化車站暫放，南科亦是正線上少數作為終點站的通勤簡易站。
月臺上的遮雨棚南側採用雙柱型，支架使用臺鐵的軌道再加工而成，遮雨棚的斷面呈「V」型，車廂編號燈箱為傳統的型式，英文站名為藍底白字，中文站名為楷體，為白底藍字並搭配紅色的阿拉伯數字。遮雨棚於月臺南方的部分，可以覆蓋至對號快車第三車的位置。
遮雨棚於月臺北邊，可以覆蓋至第十車的位置，亦即第三車至第十車都在遮雨棚的覆蓋範圍內，以E1000型自強號而言，全車編組共十二節車廂，其第一車、第二車及第十一車、第十二車將於遮雨棚的覆蓋範圍外，雨天上下車會比較麻煩。鋼軌支架上寫著年份1960年，見證了善化車站的歷史。
對於非對號快車而言，兩組電聯車的停止線正好在遮雨棚北側的邊緣，因此兩個編組的EMU500~EMU700甚至後續引進的EMU800，北側的部分都可以在遮雨棚的覆蓋範圍內。
南下方向的電車8輛車停車線則在遮雨棚外，與對號快車的第二車燈箱對齊，意味兩組電車停靠時，南側會有一至兩節車廂凸出於遮雨棚外。故遮雨棚對於非對號列車車廂的容納範圍，在第三車至第八車間。
月臺上的旅客資訊系統（PIDS）為銘協工程公司所製造，可以顯示列車行駛終點、列車車種、發車時間、停靠月臺，最下面的欄位則顯示最近列車的停靠站及列車所在位置。「經由」欄位，則是顯示列車所經過的正線，若是彰化以南至枋寮，通常不會顯示，彰化以北若經沙鹿、清水方面，則顯示「海線」；臺中、豐原、苗栗方面，則顯示「山線」；枋寮以南至臺東，則顯示「南迴」。
月臺的遮雨棚在北側改為單柱型，同樣使用臺鐵的鋼軌加工製作而成，其支柱的斷面呈現「Ｙ」型，遮雨棚的斷面依然為「V」型，為臺鐵傳統車站島式月臺最常見到的型式。
由於善化車站只有一座島式月臺，月臺的兩邊都是西部幹線的正線，因此南下、北上必須分立於月臺的兩側，南下列車使用東正線，北上列車使用西正線。月臺上有懸掛相當大的看板，指引旅客南下或北上需要候車的位置。
早期善化車站只有地下道連通站房及月臺，此地下道並沒有設置電梯，對於使用輪椅或行動不便的旅客會比較棘手。在電梯天橋尚未落成啟用前，使用輪椅進站的旅客，必須由站務人員協助，穿過行李房後，由通道穿過軌道，再使用升降機到月臺上，出站時亦同。
善化車站的東側有許多的鐵路倉庫，其中南側有善化鐵路穀倉，有軌道可以通向穀倉內部。臺鐵穀倉建築，以員林車站及斗南車站最為有名，其外觀皆為管狀，此兩車站的穀倉皆被列為歷史建築。
在善化車站月臺上的「平交道緊急警告燈」，燈式呈正五邊形排列，故又被稱為「梅花燈」，其作動時兩相鄰燈號會亮起，並逆時針旋轉。平交道告警號誌於平交道前後400公尺及800公尺各設置一支，當車輛受困於平交道或平交道上有障礙時，可以按下平交道旁警告桿上的緊急按鈕，此警告燈將會運作，以通知司機員注意。當緊急警告燈開始作動時，鐵路平交道會有國、臺及客語語音提示：「火車快來了，趕快離開平交道！」
善化車站月臺上的站名牌燈箱，採用白底藍字的型式，與上一站拔林的距離為4.6公里，與下一站新市的距離為7.5公里。雖然拍攝當時南科車站已啟用，但善化車站的里程數還尚未更新。
改造後
善化車站之後的改善工程主要集中在站前廣場動線的改良、新增電梯天橋及第二月臺，車站外觀部分改動並不多，但比較明顯部分遮雨棚變成灰白色系，並增大人行道的面積。聯外道路不再緊鄰站房，車站週邊除了計程車招呼站外，皆不能停放車輛。
改善後的站前廣場，汽車進站的動線不變，但是車道變得更加寬敞，另外機車進出車站不再穿越車站廣場，與汽車的進出站動線相同。車站廣場中央設置座椅，打造成小型的公園。車站廣場四周設有臨停接送區，駕駛不得離座，違者將逕行取締。
善化車站大廳的旅客資訊系統亦改成目前主流的白底彩色字體LED顯示器，雖然臺鐵大部分車站都已採用此種顯示器，但不同的廠商設計仍有些微的差異。目前臺鐵的旅客資訊系統一共有四家廠商，分別為：寶階、銘協、華電聯和崧穎，語音播音系統的差異最明顯。善化車站旅客資訊系統的廠商為寶階整合科技公司，與高雄車站、臺南車站、...相同。早期的善化車站僅有在列車進站前，才會開旅客進入月臺區，導入自動驗票機後，旅客可以通過票閘自由進出車站。善化車站設有進站及出站方向自動閘門各一部，廠商為Omron，旁邊還有行政院通勤月票的專用驗票機。
善化車站改造後仍然維持四個售票窗口，其中一號售票窗口原本有兩部非對號列車自動售票機，已改成新型的多功能自動售票機。整個善化車站一共有兩部新型多功能自動售票機，一部設於一號窗口，另一部提供身障人士使用，設於剪票口旁邊。第二窗口及第四窗口提供車票販售業務，其中第四窗口可支援行政院通勤月票加值服務。此外原本售票窗口上方的各級列車票價一覽表，改成了在地的風光景色。為了讓旅客有緊急充電的需求，在售票窗口旁新增EMU700造型的充電器。
售票窗口上方有簡易的全票票價表，最北至嘉義，最南至高雄，其他區域的車票票價可以至臺鐵官網(http://www.railway.gov.tw)或台鐵e訂通APP進行票價試算。
善化車站原本有SMART LIFE商店，現在已改成OK超商，也是臺鐵少數有OK超商進駐的車站，其他大部分車站多為全家便利商店或7-11統一超商。車站大廳的座椅原本為藍色塑膠椅，近年也改成深咖啡色的皮椅。
善化車站有相當大的汽機車停車場，為善化公有路外停車場，其管理單位為善化區公所，場內包含汽車停車格82格（包含：身障專用兩格、孕婦及育有六歲以下兒童專用兩格及綠能車輛停車格1格）、機車停車格509格。停車場的汽車停車格採計時收費，每小時20元；機車停車格採計次收費，每次20元。
進入付費區後發現原本抿石子的外牆已被刷成了白色，原本具有復古風格的「善化」兩字已消失，換成閩南語發音的「阮ㄟ善化」，在視覺感受上會比較明亮。
月臺專用的地下道早期只能通到第一月臺，之後再延伸至新啟用的第二月臺，從地下道內部也可以明顯看出差異，前段部分內壁舖貼白色瓷磚，後段部分則用油漆粉刷，照明系統之色溫亦不大相同。
從後期延伸部分的地下道回望前面原本的地下道，若去掉兩側新型的動線指示牌，會發現新設的部分反而更加復古。地下道兩側原本有許多鐵道迷所拍攝的鐵路相關照片，現已換成書法及繪畫作品。
善化車站於2017年啟用第二月臺，係將部分的軌道拆除後興建，雖然第二月臺的兩側都有軌道，但是實際只開放一側，故仍然被歸屬於側岸式月臺，與八堵車站的第二月臺有些類似。
善化車站月臺上的站名標示燈箱，說明車站所在的行政區為臺南市善化區（原臺南縣善化鎮），距離上一站拔林車站的距離為4.6公里，距離下一站南科車站的距離為2.9公里。
第一月臺仍然維持舊的型式，南側遮雨棚為雙柱型支架，由臺鐵的鋼軌彎曲加工而成。雖然整體上沒有太大的變化，但月臺高度因應無階化政策，提高至115公分，舖面亦由原本的柏油改成混凝土，並於月臺邊緣新增列車到站指示燈，列車接近時會有紅燈閃爍。
月臺北側遮雨棚為單柱型，整體斷面呈「Y」型，拍攝當時月臺北側仍在進行無階化加高工程，因此可以看到工程用的物料及設備。善化車站原本的車廂編號燈箱為旭光照明的舊式燈箱，現已更新為統一規格的型式。
從第一月臺北側向旁邊看去，原本有一座相當古典的日式木屋，可惜尚未等到被活化的機會就被拆除了；再更北方可以看到軌道維護工程車所使用的車庫及橫跨臺鐵的跨線陸橋—光文陸橋。
臺鐵月臺的座椅其實有相當多種，包括早期的塑膠座椅，類似臺灣高鐵使用的不鏽鋼座椅，部分車站還可以看到用廢枕木製作的板凳。善化車站最特別的座椅，就屬第一月臺南端的大型木椅，此木椅原本放置在地下道出口旁，月臺加高工程施工後，被移至月臺的南端。
早期善化車站只有地下道可以連通站房及月臺，身障人士必須由站員協助才能進出月臺。善化車站於2013年開始啟用電梯天橋（僅通至第一月臺），2017年配合第二月臺啟用，電梯天橋再延伸至第二月臺。從天橋的外觀可以看出兩期工程的差異。
第二月臺為2017年啟用，因此在設計上添加了許多現代化的元素，與第一月臺的風格形成相當大的對比。月臺的遮雨棚全採單柱型，支撐架為鋼管所構成，車廂編號燈箱雖然與第一月臺的規格相同，但字體顏色改為黑色。照明所使用的電纜線線槽，設置於支撐柱的兩側。
雖然第二月臺看起來很像島式月臺，但是事實上另一側並不開放，一旁的軌道距離月臺有一段距離，且軌道距離電桿過近，不符合臺鐵車輛界限的規定，故第二月臺僅能算是側岸式月臺。
月臺的遮雨棚長度可以容納12節車箱，相較第一月臺的遮雨棚長許多，PP列車的停止線就位於月臺最末端，電車八輛或十輛停止線位於第十一車的位置，因此目前臺鐵所有新型的電聯車，如：EMU900、EMU3000都可以在遮雨棚的容納範圍內。
臺鐵的工程車輛有許多種，包含養路專用工程車、動力軌道吊桿車、電車線工程車、特種電搖車、...等，停放於善化車站北端的工程車，則屬於電車線工程車，由韓國新盛系統公司製造，一共引進17輛，皆已完成驗收。
第二月臺南側的部分，電車8輛／10輛停止線與PP車輛停止線的位置，正好切齊遮雨棚邊緣。目前第二月台主要作為沙崙線的始發用，偶爾作為列車待避使用。月臺左側可以看到臺鐵善化穀倉的卸料作業區，南側可見的公路跨線橋為大成陸橋，可以通往小新營及省道一號。
關於轉乘
公車／客運
善化車站外面的站前廣場旁即為善化轉運站，一共分成兩個候車區，可以轉乘公車或客運前往南科、山上、新化、臺南、...等地。轉運站的候車亭為混凝土，看起來相當粗獷，每一個候車亭都有設置候車椅，並附設充電裝置。
善化轉運站的公車或客運，以橘線及綠線的公車為主，其中靠近善化車站的候車亭，可以前往：玉井、大內、蒙正、烏山頭水庫、山上、六甲、安定、勞動力發展署及臺南市區。離善化車站稍遠的候車亭，可以前往：佳里、麻豆、新化、胡厝寮及臺灣好行菱波官田線。
路線總覽
一、綠1：善化轉運站—新化站。
二、綠2：玉峰里—善化轉運站—新化站。
三、綠3：善化轉運站—看西—新化站。
四、綠4：善化轉運站—南科車站—新化站。
五、綠11：善化轉運站—臺南山上花園—新化站。
六、橘4：善化轉運站—烏山頭水庫。
七、橘4-1：善化轉運站—勞動力發展署。
八、橘5：善化轉運站—六甲。
九、橘12：麻豆轉運站—善化轉運站—臺南轉運站。
十、綠2-1：善化轉運站—豐德（公車式小黃）。
十一、橘幹線：玉井站—善化轉運站—佳里站。
十二、橘1：善化轉運站-蒙正。
十三、橘2：善化轉運站—大內教會。
十四、橘3：善化轉運站—安南醫院（部分班次延駛臺南轉運站）。
十五、臺灣好行菱波官田線：新營站—烏山頭水庫—善化轉運站。
十六、南科巡迴巴士善化線：善化轉運站—台積電—群創B廠—瀚宇彩晶—Park 17商廠。
善化轉運站的公車路線有主要有三家業者經營，分別是興南客運、台一大車隊及新營客運，其中興南客運經營善化轉運站大部分的公車路線，台一大車隊經營綠2-1（善化轉運站—豐德），為公車式小黃。臺灣好行菱波官田線，由新營客運經營，每週一、二、四、五、六、日行駛，週三若為國定假日或彈性假日正常行駛。另外行駛善化轉運站至南部科學園區的免費巡迴巴士，由科技之星交通公司經營。
YouBike 2.0
善化車站的YouBike 2.0租賃站，就設在善化轉運站旁邊，採面對面的方式設站，總共有34支車柱可以使用。善化區其他的YouBike 2.0租賃站包括：善化游泳池、大成國小、永安三民路口、凱比吉公園、善化高中及善糖文化園區（善化糖廠）。
車站週邊
離開臺鐵善化車站往前走去，即為中山路，為善化市區的主要橫向道路之一，善化市區道路大致呈現棋盤式，橫向道路包含：中山路、民族路、民權路、民生路、大成路及興華路，縱向主要道路包含：光文路、四維路、忠孝路、仁愛路、樹人路、信義路、和平路及建國路。棋盤式道路主要集中在省道19甲公路以東，省道19甲以西的道路佈局比較偏輻射狀。
在中山路上的指標，標示行駛南124可以至茄拔，另一條路可通至小新營。原本的茄拔是有草字頭的，書寫成「茄菝」，之後把「艹」移除後沒有重做路牌，使得「拔」字變得特別小。南124公路為善化至茄拔，起點位於中山光文路口，終點在茄拔南129道路交叉口，長度約2.5公里。
以前對臺糖鐵路並沒有濃厚的興趣，只覺得行走高速公路嘉義以南路段，常會看到糖鐵穿過高速公路下方。後來到員林車站，租了公共自行車找尋了糖鐵員林線後，才對臺糖鐵道有了些微的興趣。在善化車站附近，發現了一小段鋼軌，其軌距為762ｍｍ，比對相關資料，確認為臺糖鐵路善化線。
臺糖鐵路與民族路的鐵路平交道，左轉民族路可以到達臺鐵善化車站，沿著臺糖鐵道直走可以抵達糖鐵善化車站，不過再繼續往前幾乎就看不到殘跡了。善化線係指糖鐵善化站連接善化糖廠的鐵路線，由善化糖廠站起算，其長度約3.41公里。
繼續沿著臺糖鐵路步行，就會來到善化車站的圍牆邊，裡面的軌道已是1067公厘軌距，屬於國營臺鐵公司的範圍。臺糖鐵路曾經有所有謂的「三軌聯絡線」，係指軌道內包含兩種不同的軌距，外側為1067公厘，內側為762公厘軌距，臺灣西部以溪湖糖廠及新營糖廠最為有名，使用的是日立牌內燃機車頭，又因為比一般糖鐵的機車頭大一些，故又稱為「大日立」。
後記
臺灣西部早期有大量的臺糖土地，用以種植甘蔗，再由糖鐵運送至各個糖廠，因此整個臺灣西部有許多的糖廠，如：溪湖糖廠、南靖糖廠、新營糖廠、善化糖廠、...等，臺糖鐵路就如同大型的鐵路網，覆蓋著嘉南平原區，在善化車站週邊也有複雜的糖鐵系統，包括善化線、東勢寮線、安定線、新化線、左鎮線、山上線、...等。不過這些糖鐵路線大部分已拆毀，或改成一般道路、自行車道、灌溉溝渠，只留有部分殘跡，但在麻豆地區或學甲地區，糖業鐵路保存較為完整。
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